Hardly had we taken shelter under a big tree-

Explanation: - বাক্যে No sooner had, scarcely had, hardly had ........ when থাকলে এর প্রথম অংশ Past Perfect এবং Verb এর Past Participle হয় এবং ২য় অংশে Past Indefinite হয়।
- মনে রাখা জরুরি, no sooner...than, scarcely .... when, hardly...when এভাবে আসে।

সুতরাং, নিয়মানুযায়ী সঠিক উত্তর হবে - when the storm started.
Complete Sentence: Hardly had we taken shelter under a big tree when the storm started.